Ocorre que o bug que eu acabei abrindo, pode ser facilmente resolvido utilizando-se a última versão do pjproject (2.4.5).
Para isso basta compilar ambos softwares (pjsip e asterisk) com : ./configure –enable-shared.
Agora tudo está funcionando corretamente e já é possível discar para trunks sip.
Asterisk 13.6 e pjsip